يتكوّن الهيكل الإداري والتنفيذي لبرنامج الكويت لإعادة تأهيل البيئة (KERP) من مجلس إدارة، وأعضاء مجلس استشاري دولي، وأمانة عامة، ويستند إلى أنظمة وإجراءات محاسبية محددة، إضافة إلى عمليات تدقيق وآلية شراء شفافة.

 تُبرم عقود المشاريع وتُنفذ من قِبل جهات حكومية مختلفة تسمى (بالجهات المنفذة للمشاريع).

وقد صُمم الهيكل الإداري والتنظيمي لبرنامج الكويت لإعادة تأهيل البيئة (KERP) لضمان الاستخدام الأمثل للأموال المخصصة للبرنامج من لجنة الأمم المتحدة للتعويضات (UNCC) وتحقيق التنفيذ الناجح للمشاريع.

وبحسب الضمانات المقدمة من حكومة دولة الكويت إلى لجنة الأمم المتحدة للتعويضات (UNCC)، يجب الحفاظ على هذا الهيكل الإداري القوي، والذي أُنشئ بالتنسيق مع الأمم المتحدة، طوال مدة البرنامج.